作为雷部的最高天神，九天应元雷声普化天尊掌管复杂的雷神组织，总部为神霄玉清府，下设三省九司、三十六内院中司、东西华台、玄馆妙阁、四府六院及诸各司，各分曹局。其职责包括主生杀枯荣、善恶赏罚、行云布雨、斩妖伏魔、号令雷霆等。